A criação da UEG foi um sonho antigo. Historicamente, a proposta para a criação de uma instituição de ensino superior pública, gratuita e de qualidade no Estado de Goiás teve suas primeiras manifestações na década de 1950, quando houve intensos embates entre os defensores do ensino público e do ensino privado. Como resultado desse processo, foi criada a Universidade Católica de Goiás (UCG), em 1959, e a Universidade Federal de Goiás (UFG), em 1960.

A Reforma Universitária, estabelecida por força da Lei n. 5.540, de 28 de novembro de 1968 (que fixa normas de organização e funcionamento do ensino superior e sua articulação com a escola média, e dá outras providências) facilitou a disseminação do ensino superior privado no Brasil e, consequentemente, em Goiás.

Na contramão da lógica expansionista verificada no país na década de 1960, Goiás registrou pequeno avanço, restrito à criação de duas faculdades em Anápolis (uma particular, a Faculdade de Filosofia Bernardo Sayão, e uma pública, a FACEA) e outras duas instituições públicas (em Goiânia, a ESEFEGO, e na cidade de Goiás, a Faculdade de Filosofia da Cidade de Goiás).

A criação da Faculdade de Ciências Econômicas de Anápolis (FACEA), em 1961, foi o primeiro registro histórico da UEG. A partir dela surgiu a Universidade Estadual de Anápolis (UNIANA), posteriormente transformada em UEG. Na mesma década ocorreu a criação, em 1962, da Escola Superior de Educação Física do Estado de Goiás – ESEFEGO (que passou a ser ESEFFEGO em 1994, com a criação do Curso de Bacharelado em Fisioterapia) e, em 1968 foi criada a Faculdade de Filosofia da Cidade de Goiás. No ano de 1999, a então ESEFFEGO passou a integrar a Universidade Estadual de Goiás como Unidade Universitária de Goiânia – ESEFFEGO e a Faculdade de Filosofia da Cidade de Goiás como Unidade Universitária de Goiás.    

Entre 1986 e 1987, foram organizados, pela Delegacia Regional do Ministério da Educação e Cultura em Goiás (DEMEC), os I e II Seminários sobre a Expansão do Ensino de 3º Grau. Durante esses eventos, os movimentos sociais, tanto de professores quanto de estudantes, demonstraram o desejo de interiorização do ensino superior.

Na década de 1980, acontece outro evento importante para a história da UEG, a promulgação da Lei Estadual n. 10.018, de 22 de maio de 1986, que autorizou a criação da Universidade Estadual de Anápolis. Mais tarde, em 1990, essa lei foi regulamentada pelo Decreto Estadual n. 3.355, de 9 de fevereiro de 1990, que instituiu a Fundação Universidade Estadual de Anápolis, tendo por objetivos a instalação e a manutenção da instituição, que se criava integrando a FACEA à sua estrutura.

Em 1990, a FACEA é então transformada em Universidade Estadual de Anápolis (UNIANA) através do Decreto lei de nº. 3.549 passando a contar com 11 (onze) cursos, sendo que destes 7 (sete)  eram, de formação de profissionais para atuarem na Educação Básica. A UNIANA era constituída de três centros: Ciências Exatas e Tecnológicas, o Centro de Ciências Humanas e Letras e o Centro de Ciências Sócio-Econômicas.

A Lei Estadual n. 11.655, de 26 de dezembro de 1991, que dispôs sobre a estrutura organizacional básica do Poder Executivo, autorizou a criação da UEG, com sede em Anápolis, à qual se integrariam, como unidades, com sua estrutura, pessoal e patrimônio, a FACEA, a ESEFEGO e estas outras entidades de ensino superior: a Faculdade de Filosofia Cora Coralina; a Faculdade de Educação, Ciências e Letras de Pires do Rio (chamada depois de Faculdade Celso Inocêncio de Oliveira); a Faculdade de Educação, Ciências e Letras de Porangatu; a Faculdade de Educação, Ciências e Letras de Itapuranga; a Faculdade de Educação, Ciências e Letras de Santa Helena de Goiás; a Faculdade de Educação, Ciências e Letras de São Luís de Montes Belos; a Faculdade de Educação, Ciências e Letras de Goianésia; a Faculdade de Educação, Ciências e Letras de Quirinópolis; a Faculdade de Educação, Ciências e Letras de Iporá; a Faculdade de Educação, Ciências e Letras llmosa Saad Fayad, de Formosa; a Faculdade de Educação, Ciências e Letras de Morrinhos; a Faculdade de Educação, Ciências e Letras de Jussara. Entretanto, essa determinação legal não foi levada a efeito.

 A educação superior em Goiás entrou em sintonia com as políticas educacionais do país, com a aprovação da Lei de Diretrizes e Bases n. 9.394, de 20 de dezembro de 1996, passando por transformações significativas e por uma ampla expansão.

O Governo do Estado adotou então uma política de criação de faculdades, por meio do regime jurídico autárquico. Decretos, portarias e resoluções da Secretaria de Ensino Superior do MEC (SESu) e do Conselho Nacional de Educação (CNE), e legislações específicas, como a Lei Complementar n. 26, de 28 de dezembro de 1998, estabeleceu as Diretrizes e Bases do Sistema Educativo do Estado de Goiás, fundamentais para que o movimento em prol da universidade pública em Goiás se expandisse.

No final dessa década, por força da Lei n. 13.456, de 16 de abril de 1999, a UNIANA foi transformada em Universidade Estadual de Goiás - UEG. Essa lei previu ainda a incorporação das autarquias estaduais de ensino superior à estrutura da instituição então criada. Entre essas autarquias, estavam as treze mencionadas na Lei Estadual n.11.655/1991, que tinham efetivo funcionamento, e outras cuja implantação não foi cumprida de fato, apesar de ser prevista em lei.

Organizada como uma Universidade multicampi, sua sede central se encontra em Anápolis e é resultado do processo de transformação da antiga Universidade Estadual de Anápolis (UNIANA) e da incorporação de outras 13 Instituições de Ensino Superior isoladas, mantidas pelo poder público. Em Anápolis, a UEG abriga duas unidades universitárias, a Unidade Universitária de Ciência Exatas e Tecnológica (CâmpusCET) e a Unidade Universitária de Ciências Sócio Econômicas e Humanas (CâmpusCSEH).

No início, a Universidade foi vinculada organicamente à Secretaria Estadual de Educação. Logo após, por força do Decreto Estadual n. 5.158, de 29 de dezembro de 1999, ficou jurisdicionada à Secretaria de Estado de Ciência e Tecnologia de Goiás.

Embora seja uma instituição nova, a UEG busca manter a identidade que deu origem à sua história. Sua proposta de democratizar o conhecimento tem se concretizado tanto pela expansão  quanto pela interiorização do ensino superior no Estado de Goiás. Hoje a UEG se faz presente em 42 municípios.
Nesse ano de 2014 a UEG oferece um total de 137 (cento e trinta e sete) Cursos de Graduação:

76 (setenta e seis) Cursos de Licenciatura presenciais;
38 (trinta e oito) Cursos de Bacharelado presenciais;
19 (dezenove) Cursos Superiores de Tecnologia presenciais;
04 (quatro) Cursos Superiores – EAD, que se desdobram em 32 (trinta e duas) turmas.

Estão sendo oferecidos 15 (quinze) Cursos de Especialização:
Interdisciplinaridades e Demandas Contemporâneas – Câmpus – Itaporanga;
Planejamento e Gestão Ambiental – Câmpus – Morrinhos;
Educação para as Ciências e Humanidades – Câmpus – Quirinópolis;
Formação Docente Interdisciplinar: Diversidades Goianas – Câmpus – Pires do Rio;
Docência do Ensino Superior – Câmpus – Uruaçu;
Transdisciplinaridade e Interdisciplinaridade na Educação – Câmpus - Inhumas
Cultura, Identidade e Região – Câmpus – Jussara;
Gestão de Negócios – Câmpus – Aparecida de Goiânia;
História, Cultura e Região – Câmpus – Goianésia;
Educação e Agroecologia – Câmpus – Cidade de Goiás;
Especialização Lato Sensu em Estudos Literários – Câmpus – Posse;
Movimento Humano – Câmpus – ESEFFEGO;
Letramento, Produção de Sentidos e Escrita – Câmpus – Iporá;
Gestão da Qualidade e Segurança de Alimentos – Câmpus – São Luís de Montes Belos;
Políticas Públicas e Dinâmicas Territoriais – CâmpusCSEH;

A UEG oferece ainda 8 (oito) Mestrados:
No Câmpus CET – Ciências Exatas e Tecnológicas:
Mestrado em Ciências Moleculares;
Mestrado em Engenharia Agrícola;
Mestrado em Recursos Naturais do Cerrado;
Mestrado em Ciências Aplicadas a Produtos à Saúde;
Mestrado Profissional em Ensino de Ciências.

No Câmpus CSEH - Ciências Sociais, Econômicas e Humanas:
Mestrado Interdisciplinar em Educação,  Linguagem e Tecnologias;
Mestrado Territórios Expressões do Cerrado.

No Câmpus Ipameri:
Mestrado em Produção Vegetal.

Com muita firmeza, a UEG vai tomando forma com a missão de "produzir e socializar o conhecimento científico e o saber, desenvolver a cultura e a formação integral de profissionais e indivíduos capazes de se inserirem criticamente na sociedade e promoverem a transformação da realidade socioeconômica do Estado de Goiás e do Brasil", na condição de instituição multicampi, comprometida com as Unidades Universitárias instaladas em 17 microrregiões do Estado de Goiás, das 18 existentes segundo o Instituto Brasileiro de Geografia e Estatística (IBGE).